Lakisääteisiä lautakuntia seurakunnassa ovat kiinteistölautakunta sekä vaalilautakunta. Lautakunnat asettaa seurakunnanvaltuusto toimikaudekseen.

Seurakunnanneuvosto puolestaan asettaa toimikaudekseen toimikunnat, jotka avustavat neuvostoa eri tehtäväalueiden osalta. Helsingin ortodoksisessa seurakunnassa on yhteensä viisi toimikuntaa: diakoniatoimikunta, kasvatustoimikunta, kirjastotoimikunta, TTS-toimikunta ja viestintätoimikunta. Kunkin toimikunnan toimintaa ohjaa seurakunnanvaltuuston hyväksymä työjärjestys.