Lakisääteisiä lautakuntia seurakunnassa ovat kiinteistölautakunta sekä vaalilautakunta. Lautakunnat asettaa seurakunnanvaltuusto toimikaudekseen.
Seurakunnanneuvosto puolestaan asettaa toimikaudekseen toimikunnat, jotka avustavat neuvostoa eri tehtäväalueiden osalta. Helsingin ortodoksisessa seurakunnassa on yhteensä viisi toimikuntaa: diakoniatoimikunta, kasvatustoimikunta, kirjastotoimikunta, TTS-toimikunta ja viestintätoimikunta. Kunkin toimikunnan toimintaa ohjaa seurakunnanvaltuuston hyväksymä työjärjestys.
Lautakunnat valtuustokaudella 2016–2019
Kiinteistölautakunta
Mika Kontkanen, Ulla Saarinen, Ajla Selenic, Pär Silén, Kari Syrjö
Kiinteistölautakunnan puheenjohtajana toimii kirkkoherra Markku Salminen ja varapuheenjohtajana hallintopäällikkö Kristiina Mendes.
Vaalilautakunta
Okko Balagurin, Marketta Haapsaari, Kimmo Taljavaara
Vaalilautakunnan puheenjohtajana toimii kirkkoherra Markku Salminen.
Toimikunnat valtuustokaudella 2016–2019
Diakoniatoimikunta
Liisa Toppila (nunna Elisabet), Taina Cederström, Petri Gyllström, Anssi Jalonen, Ritva Karttunen
Kasvatustoimikunta
Johanna Miettinen, Arto Vaahtokari, Vladimira Therman, Dimitri Tolonen, Maija Kyöttinen
Kirjastotoimikunta
Timo Lehmuskoski, Matti Pulkkinen, Natalia Baschmakoff, Seija Lappalainen, Jukka Englund
TTS-toimikunta
Ritva Bly, Tuula Hakamies, Lasse Saarinen, Maria Mountraki, Kim Kilpinen
Viestintätoimikunta
Anu Heikkilä, Jarmo Kinnula, Marianna Ruutala, Urpo Uotila, Jukka Vehkaoja