Lakisääteisiä lautakuntia seurakunnassa ovat kiinteistölautakunta sekä vaalilautakunta. Lautakunnat asettaa seurakunnanvaltuusto toimikaudekseen.

Seurakunnanneuvosto puolestaan asettaa toimikaudekseen toimikunnat, jotka avustavat neuvostoa eri tehtäväalueiden osalta. Helsingin ortodoksisessa seurakunnassa ovat seuraavat toimikunnat: diakoniatoimikunta, kasvatustoimikunta, kirjastotoimikunta, TTS-toimikunta, viestintätoimikunta ja työhyvinvointitoimikunta. Kunkin toimikunnan toimintaa ohjaa seurakunnanvaltuuston hyväksymä työjärjestys.